典型文献
低温胁迫下民猪骨骼肌的转录调控分析
文献摘要：
为了揭示民猪优良种质特性的遗传机理,解析其低温适应机制.本试验将6头6月龄体重相近的雌性民猪随机分成2组,每组3头个体.对照组个体置于温度控制在(18±2)℃的猪舍内,试验组个体置于室外的半敞篷舍内饲养,环境温度从第1天的5℃/-5℃降到最后1天的-15℃/-24℃,共处理了 58 d.两组个体均保证自由采食和饮水,试验结束后,屠宰全部个体,取背最长肌进行RNA-seq.筛选民猪骨骼肌受低温诱导的基因和lncRNA,并对它们进行功能注释以及两者间调控关系的分析.RNA测序分析显示,民猪在经历58 d的低温胁迫后,骨骼肌内86个基因发生了显著上调,16个基因发生了显著下调;112个lncRNAs发生了显著上调,74个lncRNAs发生了显著下调.在发生显著上调的基因中,有4个与神经系统相关的基因NTSR2、ARC,FOSL1 和RCAN1发生了显著上调,7个与基质转运相关的基因SLC2A4、SLC2A5、SLC4A10,SLC19A2、SLC20A1、SLC28Al和 SLC38A2,6个与炎症和免疫相关的基因AREG、CISH、OTUD1、TRIB1、GPA33和ITPKC均发生了显著上调.而与昼夜节律相关的ARNTL基因和抑制细胞增殖的RASL11A基因等发生了显著下调.低温胁迫下,差异表达基因显著富集到细胞凋亡、直肠癌和癌症的转录误调节通路,说明细胞的增殖和凋亡受到影响.显著变化的lncRNA主要以反式调控作用于靶基因,且与靶基因间的互作关系复杂,它们调控的靶基因富集到单纯疱疹病毒1感染通路、MAPK信号通路和范可尼贫血通路.此外,再无其他通路受到影响.低温胁迫影响了民猪的神经和免疫系统,使细胞内的物质转运发生了变化,细胞的生长、分化也受到了影响,但由于基因发生变化的倍数较小(1～2倍为主),且受影响的通路较少(仅3条),因此推测低温胁迫并未对民猪的骨骼肌造成严重损伤.
文献关键词：
民猪;骨骼肌;低温胁迫;RNA-seq;lncRNA
中图分类号：
作者姓名：
张冬杰;汪亮;马红;李忠秋;王文涛;刘娣
作者机构：
黑龙江省农业科学院畜牧研究所,哈尔滨150086
文献出处：
引用格式：
[1]张冬杰;汪亮;马红;李忠秋;王文涛;刘娣-.低温胁迫下民猪骨骼肌的转录调控分析)[J].畜牧兽医学报,2022(08):2524-2536
A类：
NTSR2,RCAN1,SLC2A5,SLC4A10,SLC20A1,SLC28Al,SLC38A2,TRIB1,GPA33,ITPKC,RASL11A
B类：
低温胁迫,下民,民猪,猪骨,骨骼肌,转录调控,优良种质,种质特性,遗传机理,适应机制,月龄,雌性,温度控制,猪舍,舍内,敞篷,饲养,共处理,采食,饮水,屠宰,背最长肌,seq,选民,功能注释,测序分析,lncRNAs,ARC,FOSL1,SLC2A4,SLC19A2,免疫相关,AREG,CISH,OTUD1,昼夜节律,ARNTL,抑制细胞增殖,差异表达基因,直肠癌,调节通路,明细,细胞的增殖,增殖和凋亡,反式调控,靶基因,互作关系,基因富集,单纯疱疹病毒,MAPK,范可尼贫血,免疫系统,物质转运,倍数
AB值：
0.357709
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